Gentoo unterscheidet sich in mehreren Punkten entscheidend von vielen anderen Linux-Distributionen. So ist Gentoo eine quellbasierte Distribution, bei der in der Regel alle Pakete vor der Installation übersetzt werden. Der dafür nötige Zeit- und Rechenaufwand, aber auch der so mögliche tiefe Eingriff in Konfigurations- und Optimierungsmöglichkeiten ist bei auf binären Paketen basierten Distributionen nicht gegeben. Gleichwohl lassen sich auch wie bei letzteren vorkompilierte Programme nutzen.
Gentoo Linux ist eine quellbasierte Linux-Metadistribution für fortgeschrittene Linux-Benutzer, die ihr System komplett individuell einrichten möchten.